Kebun Raya Kendari terletak di Kota Kendari, Provinsi Sulawesi Tenggara. Luasnya sekitar 96 hektare, berada di ketinggian ±50–100 mdpl. Lokasinya dekat Teluk Kendari, dengan iklim tropis lembap, suhu rata-rata 27–30 °C, dan curah hujan tinggi sepanjang tahun.
Wilayah kebun raya berupa dataran rendah dengan kontur bergelombang ringan. Tanahnya dominan aluvial dan laterit, khas pesisir Sulawesi Tenggara. Lanskapnya berpadu dengan hutan sekunder dan kawasan teluk, menciptakan ekosistem transisi antara daratan dan pesisir.
Koleksi tumbuhan difokuskan pada flora endemik Sulawesi Tenggara, termasuk berbagai jenis anggrek hutan, tanaman obat tradisional, dan pohon khas pesisir. Kebun Raya Kendari juga mengembangkan konservasi tumbuhan langka seperti kayu besi
(Intsia bijuga), serta berbagai spesies palem dan mangrove. Perannya penting sebagai pusat konservasi dan edukasi keanekaragaman hayati pesisir Sulawesi.
