Pulau Kalong terletak di Taman Nasional Komodo tepatnya di antara pulau Rinca dan pulau Papagarang. Pulau ini dapat ditempuh menggunakan perahu dari Labuan Bajo dengan perjalanan selama kurang lebih dua setengah jam. Pulau ini memiliki luas 196,8 hektar dengan garis pantai sepanjang 5,28 km. Daratan pulau ini didominasi oleh perbukitan dan dua pertiga dari garis pantainya tertutup hamparan hutan mangrove dengan ketinggian sekitar 3-5 meter.

Sesuai namanya, pulau ini dikenal sebagai tempat tinggal bagi jutaan kalong alias kelelawar raksasa. Hutan mangrove yang subur dan lebat menjadi tempat bersarang yang nyaman bagi hewan-hewan ini. Pemandangan menakjubkan dapat dilihat di sore hari saat koloni kalong berhamburan terbang melintasi hutan untuk mencari makanan. Pulau ini unik dan kecil, dikelilingi oleh lautan dan pulau-pulau kecil yang benar-benar menakjubkan.