- Kebun Raya Bali
Lokasi: Pulau Bali. Dasar penetapan: SK diresmikan pada 15 Juli 1959, dengan nama Kebun Raya Eka Karya. Pengelola: BRIN Bali. Luas kawasan: 157,5 ha.
- Kebun Raya Bogor
Lokasi: Kota Bogor. Dasar penetapan: SK didirikan oleh Gubernur Jenderal Van Der Capellen dengan nama SLands Plantentuinte Buitenzorg pada 1. Pengelola: BRIN Jawa Barat. Luas kawasan: 80 ha.
- Kebun Raya Cibodas
Lokasi: Hutan Gunung Gede Pangrango, Desa Cimacan, Pacet, Cianjur. Dasar penetapan: SK dibangun pada tahun 1862 oleh Johannes Elias Teysjmann sebagai cabang dari Kebun Raya Bogor. Pengelola: BRIN Jawa Barat. Luas kawasan: 83 ha.
- Kebun Raya Kuningan
Lokasi: Pasawahan, Kuningan. Pengelola: BRIN Jawa Barat.
- Kebun Raya Baturraden
Lokasi: Baturraden, Banyumas. Pengelola: BRIN Jawa Tengah. Luas kawasan: 143,5 ha.
- Kebun Raya Indrokilo
Lokasi: Kelurahan Kemiri, Kecamatan Mojosongo, Kabupaten Boyolali. Dasar penetapan: SK Nota kesepakatan (MoU-Memorandum of Understanding) Nomor 016/KS/LIPI/VII/2013 dan Nomor 650/03286/28. Luas kawasan: 8,9 ha.
- Kebun Raya Purwodadi
Lokasi: Kecamatan Purwodadi, Kabupaten Pasuruan. Dasar penetapan: SK didirikan atas prakarsa Dr. L.G.M. Baas Becking pada 30 Januari 1941. Pengelola: BRIN Jawa Timur. Luas kawasan: 85 ha.
- Kebun Raya Banua
Lokasi: Banjarbaru. Pengelola: BRIN Kalimantan Selatan. Luas kawasan: 100 ha.
- Kebun Raya Katingan
Lokasi: Kasongan Lama, Katingan Hilir, Katingan. Pengelola: BRIN Kalimantan Tengah. Luas kawasan: 127 ha.
- Kebun Raya Balikpapan
Lokasi: Kelurahan Karang Joang, Balikpapan. Dasar penetapan: SK No.68/ Menhut-II/2009. Pengelola: BRIN Kalimantan Timur.
- Kebun Raya Batam
Lokasi: Jl. Hang Lekiu, Nongsa, Batam. Pengelola: BRIN Kepulauan Riau. Luas kawasan: 86 ha.
- Kebun Raya Liwa
Lokasi: Lampung Barat. Pengelola: BRIN Lampung. Luas kawasan: 112 ha.
- Kebun Raya Sriwijaya
Lokasi: Indralaya Utara, Ogan Ilir. Pengelola: BRIN Sumatera Selatan. Luas kawasan: ± 100 ha.
